赛季开始之前，申花俱乐部与去年引进的中超最大牌外援迪迪埃·德罗巴的去留产生了矛盾，最终双方在1月底达成协议，德罗巴转头土耳其豪门加拉塔萨雷。至此，去年申花斥巨资引进的两名外援阿内尔卡与德罗巴相继转会离开。[1]
2月18日，中国足协纪律委员会依据《中国足球协会纪律准则及处罚办法》决定，对涉及中国足坛反腐风暴中参与打假球的上海申花队扣除2013年中超联赛积分6分，罚款人民币100万元；收回球队2003年中国足球甲A联赛冠军头衔，也就是说2013赛季，上海申花队从负6分开始比赛。[2]
3月31日，中国联赛第三轮上海申花主场对阵辽宁宏运的比赛前申花俱乐部再陷“欠薪门”，朱骏与五大国有股东发生纠纷，三大南美主力外援莫雷诺、斯基亚维和托兰佐以欠薪为由集体罢赛，而申花却逆势而上在落后两球的情况下2-2逼和了对手。[3]联赛第四轮，在外援依旧罢赛，主帅巴蒂斯塔也被欠薪的管理乱象下球队0-0客场逼和了杭州绿城，用了四轮联赛填平了被中国足协所处罚的6分，并以净胜球的优势暂时超越武汉卓尔，排在联赛第14位。[4]
填平罚分后的申花在联赛中也保持着良好的上升势头，第五轮，上海申花主场对战山东鲁能，在场面被动落后一球的不利局面下，后来追上2-1击败了排名靠前的山东鲁能；第六轮，上海申花在伤停补时阶段进球得分1-1逼和了主场作战的青岛中能；第七轮与上海上港的同城德比中再次在落后一球的情况下逆转对手，以2-1取得联赛第三次胜利。联赛第八轮，上海申花客场挑战排名垫底的武汉卓尔，更是神奇的落后三球追三球，3-3逼和了对手。联赛前八轮五次在落后的情况下完成逆转，上海申花也被媒体冠以“落后的申花惹不起”之名。[5]
联赛第九轮，上海申花主场面对卫冕冠军广州恒大，在上半场围攻恒大未能取得进球的情况下，最终实力不济以0-3告负。[6]
5月23日，自动晋级足协杯第三轮的上海申花在主场以2-3不敌乙级联赛球队大理锐龙。比赛之前，上海申花队主教练巴蒂斯塔药物过敏昏迷后初愈，由于乙级球队没有外援，所以以全华班且半替补阵容迎战的申花最终主场2-3输掉了比赛，也爆出了2013年中国足协杯的最大冷门。[7]
2013年7月4日，申花宣布巴蒂斯塔因为个人原因辞职。在申花的帅位上，巴蒂斯塔坐了整整400天，申花历史上执教场次第二多的外籍主帅。前不久，巴蒂斯塔曾因服用了头孢后出现过敏性休克的迹象，被送进医院急救。 [8]随后也爆出俱乐部对巴蒂斯塔欠薪的消息，中方教练组组长沈祥福即时出任申花主教练。[9]
最终，从负六分起步得上海申花以38分的积分排名第八。但据统计，申花在客场的比赛中表现不佳，在除去德比战的客场比赛中，上海申花未能取得一场胜利。[10]队内首席射手为打进11球的菲拉斯·哈蒂布，莫雷诺和达迪分别以10球和9球位列二、三位。