橫濱水手
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1997年1月，中村俊輔與日職聯賽球隊橫濱水手簽約。中村俊輔本人獲得1997年日本職業足球聯賽的最佳新人獎。中村俊輔入選了1999年日本職業足球聯賽的最佳陣容。
2000年4月，中村俊輔拒絕來自意甲聯賽球隊佩魯賈足球會的邀請，表明將繼續為橫濱水手效力。
中村俊輔本人獲得2000年日本職業足球聯賽的最佳球員獎（MVP）和日本足球先生並獲得200萬日元的獎金，併入選2000年日本職業足球聯賽的最佳陣容。
2001年，中村俊輔幫助橫濱水手獲得日本聯賽盃冠軍。
雷吉納
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2002年7月4日，傷愈後的中村俊輔加盟意甲聯賽升班馬雷吉納足球會，成為第四位投身意大利球隊的日本球員。中村俊輔是以外借形式加盟雷吉納，2003年1月將正式轉會，與雷吉納簽約至2005年6月，外借期間的費用是40萬美元，而轉會費是350萬美元，年薪初步定在45萬到50萬美元之間。今後如果中村俊輔轉會，雷吉納要將轉會費的15%付給橫濱水手。中村俊輔將身穿10號球衣征戰聯賽。
2003年8月29日，在意大利盃第一階段首圈比賽中，中村俊輔在第16分鐘右腳射門入網打入一球，並多次策划進攻，幫助雷吉納客場3-0完勝塔蘭托。這是中村俊輔代表雷吉納參加的首場正式比賽。9月18日，在意甲聯賽第二圈雷吉納客場0-2負於佩魯賈的比賽中，中村俊輔首次代表雷吉納在意甲聯賽出場，完成1次遠射，1次插上射門，2次角球。賽後《米蘭體育報》和《羅馬體育報》還是給了中村俊輔6分。9月22日，在意甲聯賽第3輪雷吉納主場1-2負於國際米蘭的比賽中，中村俊輔在比賽中攻入一個十二碼，這也是他個人在意甲的首粒入球。12月1日，在意甲聯賽第12輪雷吉納主場1-1逼和切沃的比賽中，中村俊輔在上半場主罰十二碼命中。12月9日，在意甲聯賽第13輪雷吉納客場0-2負於帕爾馬比賽中，中田英壽和中村俊輔在意甲賽場完成的日本打吡。
2003年4月6日，在意甲聯賽第27輪雷吉納主場1-0戰勝恩波利的比賽中，第54分鐘，中村俊輔開出角球，對方的格雷拉被迫手球犯規，中村俊輔主罰將十二碼罰入。
2003年8月31日，在意甲聯賽第一圈雷吉納主場2-2逼和升班馬桑普多利亞的比賽中，中村俊輔後備出場與效力於桑普多利亞的柳澤敦上演「日本打吡」。9月28日，在意甲聯賽第4輪雷吉納客場0-2負於尤文圖斯的比賽中，中村俊輔在上半時兩次射中門框成為雷吉納最有威脅的球員。
2004年3月7日，在意甲聯賽第24輪雷吉納客場1-1戰平安科納的比賽中，中村俊輔58分鐘後備出場，並在第80分鐘禁區前沿主罰自由球擊中橫樑。
2005年1月6日，在意甲第17輪雷吉納主場1-0戰勝巴勒莫的比賽中，中村俊輔打入全場唯一入球。2月27日，在意甲聯賽26輪雷吉納主場1-0戰勝切沃的比賽中，中村俊輔在上半時41分鐘的自由球直接破門。雷吉納足球會主席福蒂於6月份證實，中村俊輔已經收到了來自西甲球隊拉科魯尼亞和馬德里體育會的邀請函。
些路迪
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2005年7月23日，中村俊輔轉會到蘇超聯賽球隊些路迪足球會，轉會費為350萬英鎊，中村俊輔年薪約為74.8萬英鎊。11月19日，在蘇超聯賽第15輪焦點戰中，些路迪隊主場以3-0完勝勁敵格拉斯哥流浪取得5連勝，將對對手的領先優勢擴大到15分，中村俊輔正選出場助攻一球。
2006年6月15日，中村俊輔與些路迪續約一年。這份續約合同簽訂後，日本中場中村俊輔將在些路迪效力直到2009年。
2005-06年球季，中村俊輔幫助些路迪足球會獲得蘇超聯賽冠軍和蘇格蘭聯賽盃冠軍。
2006年9月13日，中村俊輔首次代表些路迪出戰歐洲冠軍足球聯賽對陣英超名門曼聯，在比賽中中村俊輔罰入一記精彩絕倫的自由球，這也是中村俊輔在歐聯中的首粒入球，中村俊輔因此稱為了日本第一位、亞洲第三位（前兩位是伊朗人阿里·代伊和韓國人朴智星）在歐聯破門的球員。10月14日，在蘇超聯賽第10輪些路迪隊客場4比1大勝登地聯的比賽中，中村俊輔在球隊開場僅4分鐘就落後一球的情況下，上演帽子戲法帶領球隊完成了逆轉。11月21日，在歐聯些路迪再戰曼聯的比賽中，中村俊輔再次自由球破門幫助些路迪1-0擊敗曼聯。
2007年4月2日，些路迪2-1擊敗了基爾馬諾克，從而提前5輪成功獲得了2006-07年球季的蘇超聯賽冠軍，這也是該球隊歷史上第41個聯賽冠軍錦標，在比賽中，中村俊輔打進制勝球。賽後蘇格蘭足總宣布，中村俊輔被選為2006-07年球季的蘇格蘭超級足球聯賽最佳球員。中村俊輔是首個在歐洲高水平頂級聯賽斬獲如此崇高榮譽的亞洲球員。2007年5月29日，在蘇格蘭足總盃決賽些路迪以1-0戰勝鄧弗姆林的比賽中，中村俊輔右腳受傷。
2006-07年球季，中村俊輔幫助些路迪獲得蘇格蘭超級足球聯賽冠軍和蘇格蘭足總盃冠軍。中村俊輔被選為2006-07年球季的蘇格蘭超級足球聯賽最佳球員，同時中村俊輔獲得蘇格蘭PFA足球先生[2]和蘇格蘭FWA足球先生[3]。中村俊輔還憑藉在節禮日些路迪2-2逼和登地聯的比賽中的一記遠程吊射破門獲得了2006-07年球季最佳入球獎。
2007年2月25日，中村俊輔在蘇格蘭足總盃1/4決賽的比賽些路迪隊2-1擊敗因恩華尼斯的比賽中。但中村俊輔在比賽中意外左手骨折。10月27日，中村俊輔在些路迪與馬瑟韋爾的聯賽中膝蓋受傷。
2008年1月12日，中村俊輔在因傷闊別賽場長達3個月後首次回歸賽場，並在些路迪與史特靈的蘇格蘭足總盃賽中打進1球。4月16日，在些路迪主場與格拉斯哥流浪的蘇超打吡中，中村俊輔首開紀錄，幫助些路迪2-1戰勝對手，這也是中村俊輔在蘇格蘭打吡中打進的第一球。5月3日，在些路迪與馬瑟韋爾的蘇格蘭超級足球聯賽中，中村俊輔助攻1次，同時完成了自己在蘇超聯賽的第100次出場。
2007-08年球季，中村俊輔幫助些路迪足球會獲得蘇格蘭超級足球聯賽冠軍。
2009年2月28日，在蘇格蘭超級聯賽第27輪比賽些路迪在些路迪公園主場以7-0的比數大勝聖美倫的比賽中，中村俊輔在上演了帽子戲法。7月19日，足球媒體網站「Goal」評出了蘇格蘭超級足球聯賽近10年來最佳陣容，中村俊輔憑藉在些路迪隊近4個球季優異的表現佔據一席。
2008-09球季，中村俊輔幫助些路迪足球會獲得蘇格蘭聯賽盃冠軍。
愛斯賓奴
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2009年6月23日，中村俊輔自由轉會西甲聯賽球隊愛斯賓奴足球會，雙方簽約合同為期兩年，中村俊輔年薪為120萬歐元。7月10日，他抵達巴塞隆拿接受球會方面安排的體檢。7月26日，在夏季熱身賽愛斯賓奴4-0擊敗貝拉拉達的比賽中，中村俊輔在比賽的第83分鐘助攻伊萬·阿朗素打入第四球。8月30日，在西甲聯賽首圈愛斯賓奴客場0-1負於畢爾包體育會的比賽中，中村俊輔首次在西甲聯賽中出場。9月23日，在西甲聯賽第4輪愛斯賓奴主場2-1戰勝馬拉加的比賽中，中村俊輔完成自己在西班牙賽場上的唯一一次助攻。11月29日，在愛斯賓奴0-4負於馬德里體育會的比賽之後，中村俊輔就不再出現在愛斯賓奴的正選陣容，有時甚至連後備也打不上。
橫濱水手
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2010年2月26日，中村俊輔從愛斯賓奴足球會正式轉會至前東家日職聯賽球隊的橫濱水手，轉會費超過了100萬歐元。3月20日，在日職聯賽第3輪橫濱水手主場4-0戰勝川崎前鋒的比賽中，中村俊輔打入回歸日本聯賽後的首球。
2013年9月，中村俊輔入選知名足球網站「Goal」評選的亞洲足壇8月最佳陣容。12月11日，在日職聯賽舉辦的年度頒獎典禮上，中村俊輔以213票的優勢當選日職聯賽最有價值球員（MVP），這是他時隔13年之後再次獲得這一榮譽。值得一提的是，中村俊輔繼當年成為最年輕聯賽MVP之後，又成為最年長的聯賽MVP，創造了日本足球的歷史。12月29日，天皇盃準決賽結束，中村俊輔在比賽結束前入球幫助橫濱水手戰勝各自對手進軍決賽。
2015年7月19日，在日職聯賽橫濱水手客場2-2戰平大阪飛腳的比賽進入到傷停補時第4分鐘，中村俊輔主罰自由球得分。
2016年4月3日，在日職聯賽第5輪橫濱水手客場2-1逆轉擊敗大阪飛腳的比賽中，中村俊輔自由球弧線破門，37歲的他將自己保持的聯賽自由球直接破門紀錄刷新到了22粒。
磐田山葉
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2017年1月8日，中村俊輔轉會加盟球隊磐田山葉。8月5日，在日職聯賽第20輪磐田山葉主場負於2-3廣島三箭的比賽中，中村俊輔底線附近人球分過突入禁區後造十二碼並主罰命中。
2018年6月14日，球隊磐田山葉官方宣布，中村俊輔接受了右腳手術將缺陣6周。
橫濱FC
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2019年7月11日，橫濱FC官方宣布，41歲的中村俊輔加盟球隊，他將身穿25號球衣征戰日乙聯賽。
日本足球傳奇名將中村俊輔宣布將在球季結束後正式退役。
日乙聯賽閉幕戰，橫濱FC客場4-3戰勝熊本羅亞素，中村俊輔完成了職業生涯最後一場比賽。